Pravi uzroci poplave na Kubanu koji su odnijeli nekoliko stotina života i uništili tisuće domova nisu poznati. Međutim, na tu temu postoji nekoliko teorija, i službenih i „popularnih“.
U noći 7. jula započela je poplava na Kubanu, koja je uništila kuće u Gelendžiku, Novorossijsku, Krymsku i nekoliko sela. U tom trenutku, kad se pojavilo prvo upozorenje Ministarstva za vanredne situacije, preživjeli su već sjedili na krovovima kuća, a stariji, djeca i invalidi, koji nisu mogli pobjeći, umrli su. Ta činjenica nam omogućava da tvrdimo da su dijelom stotine ljudi krive za predstavnike Ministarstva za izvanredna stanja, koji nisu na vrijeme upozorili na katastrofu i nisu organizirali evakuaciju.
Jedan od uzroka poplava naziva se prevelika količina oborina. Prema službenim izjavama, petomjesečna kiša pogodila je Kuban u danu, uzrokujući prelijevanje rijeka i poplavu gradova. Posebno je stradao Krymsk, gdje je vodostaj na nekim mjestima premašio oznaku od tri metra. Protok je bio tako jak da su se automobili, pa čak i kamioni prevrtali pod pritiskom vode.
Neslužbena verzija koju dužnosnici odbacuju je probijanje Neberdzhaevsky akumulacije ili organizirani ili automatski ispuštanje vode iz njega. Konkretno, predstavnici Istražnog odbora uspjeli su utvrditi da je voda iz akumulacije zaista istjerala kad je počela obilna kiša, ali ne može se precizno utvrditi da je to dovelo do tragedije. Također se priča da odvod nije bio automatski, već posebno organiziran, jer su dužnosnici imali izbor: poplaviti Krymsk ili dopustiti da voda prođe kroz druge dijelove Kubana, uključujući područje gdje se nalazi dacha predsjednika Putina. Ova verzija nije niti potvrđena niti opovrgnuta.
I na kraju, službena teorija kaže da je poplava na Kubanu nastala zbog razvoja poplavno opasnih područja. Kako bi se spriječilo da se tragedija ne ponovi, Gosprirodnadzor, Rosvodresursurs i Roshidromet dobili su upute da poduzmu sve potrebne mjere. Odlučeno je da se što prije obnove hidrološki nalazi, kako bi se osiguralo najbolje funkcioniranje meteoroloških postaja u Krymsku i Novorossiysku, te poduzeti mjere za sprečavanje novih prirodnih katastrofa.